Bakumatsu, genç erkeklerin ruhlarının ülkelerinin geleceği için endişeyle yakıldığı bir dönemdir. Choshu'dan bir servet askeri olan Takasugi Shinsaku, hükümetin kendileri için beklemekten korktuğu zamanı manipüle etme gücü ile gizemli bir "kronometre" aramak için yoldaşı Katsura Kogorou ile bir hükümet gemisine gizlice girer. Takasugi, bu gücün yanlış ellere düşmesine izin vermek yerine, eseri yok etmeyi planlar, ancak elde ettiği eseri, hızlı bir şekilde çalınır  ​​ve çifti gizemli hırsızı Kyoto'daki devlet koltuğuna takip etmeye zorlar. Ancak, başkente vardıklarında, hükümetin devrilmiş olduğunu ve Susanoo tanrısının şimdi yerine geçtiğini keşfederler. Şehrin sokakları ve içindeki insanlar Takasugi ve Katsura'nın hatırladıklarından çok farklıdır. Zaman değişmiş olabilir ama görevleri değişmemiştir - Takasugi ve Katsura, zamanını sıfırlamaya ve uluslarını kaçırmaya çalışan vahşi güçlerden kurtarmaya karar verir.