Yirmi yıl önce, hikayenin başında bir asteroit Dünya\'ya doğru yönelir ve Plüton\'u yok eder. Plüton\'un yok oluşu sonucunda, Thanatos adı verilen asteroit geçici olarak durgun hale gelir. Daha sonra Dünya\'nın yaklaşan yıkımını önlemek için, Uluslararası Solar Sistem Kalkınma Ajansı (ISDA) D-Projesi üzerinde çalışmaya başlar ve bu sırada okyanus altında bir ejderha yumurtası bulup Dragonaut\'ları oluştururlar. Bu silahın birincil amacı zamanı geldiğinde asteroitleri yok etmektir. Ancak kısa süre sonra asteroitlerin tek sorunları olmadığını öğrenirler, çünkü yeryüzünde ejderha benzeri güçlü yaratıklar ortaya çıkmaya başlamıştır. Ä°ki yıl önceki mekik kazası sırasında ailesini kaybeden, 18 yaşındaki Jin Kamishina, bir cinayete tanık olduktan sonra ejderhaların gizemlerine şahit olmaya başlar ve bir Dragonaut pilotu olur. Yaptığı yolculuk sırasında bir yaratık tarafından saldırıya uğrar, ölümün pençesindeyken gizemli bir kız olan Toa onu kurtarır. Jin, ejderhaların gizemlerinin peşindeyken yeni düşmanlar ve arkadaşlar kazanır, ayrıca ikilinin arasındaki ilişki ilerlemeye başlar.