Alvarez İmparatorluğu ve Acnologia ile olan savaştan bir yıl sonra, Natsu ve ekibi bir asırdan fazla süredir kimsenin tamamlayamadığı 100 Yıllık Görev'e doğru yol alırlar. Görevin esas amacı, tek başlarınayken bile yıkıma sebep olacak Beş Ejder Tanrısı'nı mühürlemektir. Bu görevde karşılarına Diabolos adında yeni bir kara lonca çıkar. Tam da bu sırada Fairy Tail loncasına Touka adında gizemli bir kız katılır. Natsu ve arkadaşlarının karşılarındaki tek zorluk 100 Yıllık Görev değildir.