FLCL'nin ikinci sezonudur. Naota ve Haruhara Haruko'nun birlikte yaşadığı maceralardan beri yıllar geçti. Bu sırada ise Medikal Mekanik ve Birlik olarak bilinen oluşum arasındaki savaş galaksiler boyu devam etmektedir. Ortalama hayatında harika hiçbir şey olmayacağına inanan genç ergen bir kız olan Hidomi ve bir gün okuluna yeni gelen bir öğretmen olan Haruko ile her şey değişir. Çok geçmeden Medikal Mekanik, Hidomi'nin şehrine doğru saldırıya geçer ve Hidomi, sadece Haruko'nun açabileceği ve herkesi kurtarabilecek olan bir sırrı keşfeder. Ama Haruko neden dünyaya dönmüştür? Naota'ya bıraktığı Rickenbacker 4001 gitarına ne oldu? Ve insan tipi robot Canti nereye gitti?