Rokujou Miharu, zoraki de olsa kendi dünyasında yaşayan bir öğrencidir. Fakat içinde Nabari'nin müthiş gücü Omnipotentvardır. Böylesine üstün bir gücü ele geçirmek için Iga'nın Wolf Pack isimli grubu, Miharu'yu Iga köyüne kaçırır. Öte yandan Miharu'nun İngilizce öğretmeni Kumohira-sensei ile sınıf arkadaşı Kouichi'nin, Miharu'u korumakla görevlendirilmiş Banten Ninjaları olduğu ortaya çıkar ve böylece Omnipotent'ı ele geçirebilmek için büyük bir savaş başlar. Miharu'nun artık hayatta kalmasının tek yolu Nabari'nin gizli dünyasına girerek kral olmaktır.