Hikaye, 2013 geleceğinde Altı Numara denilen bir şehirde geçiyor. 2 yaşından bu yana Altı Numara?dan ayrıcalıklı olarak elit kesimde yaşayan Shion adlı çocuk, 12. yaş gününün akşamında kendisine Nezumi (sıçan) diyen bir çocuğu kurtarır. Nezumi, şehrin Özel Güvenlik Arazisi'nden kaçmış bir çocuktur. Bu, Shion'un hayatını sonsuza dek değiştirir.