Yu-Gi-Oh! serisinin 4. sezonuna karşılık gelen yapımdır. Yeni serimizin kahramanı Yuma Tsukumo her zaman meydan okumaya açık olan bir orta birinci sınıf öğrencisidir. Başına gelen bazı olaylar sebebiyle kendini okulun çete liderlerinin en büyüğü Shark ile düelloda bulur. Shark ile düello ederken karşısında aniden Astral adında bir canlıyı bulur ve yeni maceramız başlar...